Руководство экономического субъекта несет ответственность за соблюдение действующего законодательства о налогах, полноту и точность налоговых расчетов и за правильность и своевременность уплаты причитающихся налогов и сборов в бюджет и внебюджетные фонды.

Перед проведением налогового аудита аудиторская организация вправе потребовать от руководства экономического субъекта письменного подтверждения понимания того факта, что проведение налогового аудита не снимает ответственность с руководства экономического субъекта за правильность и своевременность исполнения обязательств по налогам и сборам. Такое подтверждение может быть представлено в форме соответствующих положений договора на проведение налогового аудита или заявления об ответственности, подписанного руководителем организации.

Персонал проверяемого предприятия, в том числе его руководство, несет ответственность за искажения бухгалтерской отчетности, налоговых деклараций и справок; за несвоевременное их устранение.

Аудиторская организация  при проведении налогового аудита несет ответственность  за качество итоговых документов (правильность и полноту данных, отраженных в заключении и (или) отчете аудитора о выявленных им искажениях), за несоблюдение конфиденциальности коммерческой информации экономического субъекта.

Вопросы, касающиеся материальной ответственности аудиторской организации (действительной или мнимой) за свои ошибки при проведении налогового аудита, в нормативных документах не регламентированы. Эта проблема весьма актуальна для отечественной практики, поскольку нередко экономические субъекты пытаются переложить на аудиторские организации штрафы, начисляемые им налоговыми органами.

Действительно, такие вопросы, как этот, должны быть предварительно регламентированы в документе более высокого уровня. Применительно к подобным случаям аудиторские организации  могут более широко использовать страхование своей гражданской ответственности. Помимо прочих преимуществ оно усиливает позиции аудиторских организаций в таких конфликтах, привлекая на их сторону обычно весьма компетентные в рассматриваемых вопросах и обладающие немалым опытом судебных разбирательств страховые фирмы.