Аудиторская организация должна определить конкретные методы и процедуры внутреннего контроля, качества аудиторских  проверок, призванные обеспечить проведение аудита и оказание сопутствующих услуг в соответствии с законодательства, федеральными правилами-стандартами аудита, стандартами профессиональных аудиторских объединений, внутрифирменными аудиторам. Принципы внутреннего контроля качества аудита зависят от таких факторов как объем и характер деятельности, территориальное расположение, организационная структура, от соотношений затрат и выгод.

Устанавливаются следующие общие требования к системе внутреннего контроля качества аудита:

а) работники аудиторской организации должны придерживаться принципов независимости, честности, объективности, конфиденциальности, а также норм профессионального поведения;

б) работники аудиторской организации должны владеть надлежащими навыками и придерживаться этих навыков с должной профессиональной компетентностью;

в) проведение аудита поручается работникам, имеющим специальную подготовку и опыт, необходимый в данных условиях;

г) текущий контроль должен осуществляется на всех уровнях аудиторской работы;

д) при необходимости следует проводить консультации со специалистами в отдельных областях знаний;

е) при решении вопроса о заключении договора или продолжения сотрудничества следует исходить в первую очередь из соображений независимости аудиторов, а также способности предоставлять надлежащие услуги и честности руководства аудируемого лица;

ж) руководству аудиторской организации необходимо проводить регулярное наблюдение за адекватностью и эффективностью принципов конкретных процедур внутреннего контроля качества аудита.

Руководитель аудиторской проверки должен применять такие процедуры внутреннего контроля, которые соответствуют целям и задачам аудита. Он должен анализировать проффесиональную компетентность аудиторов и ассистентов, давать четкие указания им о проведении соответствиих аудиторских процедур.

При этом работники аудиторской организации должны быть информированы в таких аспектах как:

— характер деятельности аудируемого лица;

— возможные проблемы бухгалтерского учета и аудита.

Во время проведения аудиторских проверок внутренний контроль подразумевает следующие направления:

1. обладают ли  ассистенты аудитора необходимыми навыками и компетентностью для выполнения порученных им заданий;

2. понимают ли ассистенты аудитора указания по проведению аудита;

3. выполняется ли работа в соответствии с общим планом и программой аудита;

4. рассматриваются ли важные вопросы в области бухгалтерского учета и аудита, оценивается ли их важность, вносится ли соответствиие изменения в общий план и программу аудита;

5. устраняются ли расхождения в проффессиональных суждениях аудиторов.