При оплате труда в натуральной согласно п.2 ст.154 НК РФ налоговая база определяется исходя из рыночных цен в порядке, аналогичном предусмотренному ст.40 НК РФ.Предъявленная работникам-покупателям сумма налога, получаемая в составе выручки от реализации, отражается по кредиту счетов учета реализации в корреспонденции со счетами расчетов с покупателями и заказчиками. Одновременно указанная сумма налога отражается по дебету счетов учета реализации и кредиту счета 68 «Расчеты с бюджетом», субсчет «Расчеты по налогу на добавленную стоимость». Если рыночные цены на реализуемый товар превышают стоимость переданного в счет оплаты труда товара по данным бухгалтерского учета, то доначисленная сумма НДС с разницы между рыночной и отпускной ценами товара отражается по кредиту счета 68 «Расчеты с бюджетом», субсчет «Расчеты по налогу на добавленную стоимость» и дебету счета 91 «Прочие доходы и расходы». При погашении задолженности организации перед работниками по оплате труда путем выдачи товарно-материальных ценностей (выполнения работ, оказания услуг) счета расчетов с покупателями и заказчиками корреспондируют со счетами расчетов с персоналом по оплате труда или по иным операциям.

Дебет 62  Кредит  90/1(91/1) – передан товар работнику по продажной цене согласно счету-фактуре, в т.ч. НДС;

Дебет  90/3(91/2)  Кредит  68 – сумма НДС на переданный товар, подлежащая уплате в бюджет, исходя из продажной цены на данный товар согласно счету-фактуре;

Дебет  91/2  Кредит  68 – доначислена сумма НДС  на разницу между рыночной и продажной стоимостью товара;

Дебет  70,76  Кредит  62 – погашается задолженность перед работником по оплате труда и задолженность работника по оплате товара.

Пример: Отпускная стоимость передаваемых в счет оплаты труда товаров 12000 руб., в том числе НДС согласно счету-фактуре 1830 руб., рыночная стоимость этих товаров на момент передачи 15000 руб. Отклонение рыночной цены от отпускной  составило 25 %, т.е. более 20 %. Поэтому следует доначислить НДС  с разницы между рыночной и продажной стоимостью товара. НДС составит  450 руб. (15000 руб. – 12000руб.) х 18 % / 118 %.).

 В бухгалтерском учете следует сделать следующие проводки:

Дебет  62  Кредит  90 – 12000 руб. – переданы товары работнику в счет оплаты труда;

Дебет  90  Кредит  68 – 1830 руб. – начислен НДС исходя из отпускной цены на данный товар;

Дебет  91  Кредит  68 – 450 руб. – доначислена сумма НДС  на разницу между рыночной и продажной стоимостью товара;

Дебет  70  Кредит  62 –12000 руб. – погашена задолженность перед работником по оплате труда и задолженность работника по оплате товара.