Практически каждая аудиторская фирма имеет собственные методы и способы проведения аудита. Создать универсальную методику налогового аудита невозможно, так как, несмотря на единство налоговой системы в нашей стране, каждый хозяйствующий субъект имеет свои особенности в исчислении и уплате налогов, что может привести к ошибкам и нарушениям, выявление которых и является задачей налогового аудита.

Налоговый аудит как процесс состоит из нескольких этапов:

-предварительная оценка (экспертиза) существующей системы  налогообложения экономического субъекта;

-проверка и подтверждение (неподтверждение) правильности исчисления и уплаты экономическим субъектом налогов и сборов в бюджет и внебюджетные фонды;

-оформление и представление результатов проведения налогового аудита.

На каждом из этих этапов аудиторы выполняют определенные проверочные действия. Так, на первом этапе необходимо:

-провести общий анализ элементов системы налогообложения экономического субъекта;

-определить основные факторы, влияющие на налоговые показатели;

-проверить правильность методики исчисления налоговых платежей;

-провести правовую и налоговую экспертизу существующей системы хозяйственных отношений;

-проанализировать организацию документооборота и изучить функции и полномочия служб, ответственных за исчисление и уплату налогов;

-осуществить предварительный расчет налоговых показателей экономического субъекта.

Выполнение процедур на данном этапе позволяет рассмотреть такие существенные факторы, как специфика основных хозяйственных операций экономического субъекта и существующие объекты налогообложения, соответствие применяемого организацией порядка налогообложения нормам действующего законодательства, оценить уровень налоговых обязательств и потенциальных налоговых нарушений.

На следующем, основном, этапе проверки необходимо определить, на каких именно участках налогового учета необходима углубленная проверка

По результатам предварительного анализа аудиторы могут выявить проблемные моменты в налоговой системе организации, поэтому проводить полноценный аудит всех участков налоговой системы нецелесообразно.

Например, на первом этапе вполне можно понять, что проблемы у организации, скорее всего, возникнут с экспортным НДС, так как организация реализует товары (работы, услуги) за рубеж, с налогом на прибыль, так как учет доходов и расходов в целях налогообложения не организован должным образом, с акцизами, если организация реализует подакцизную продукцию, и т.д. С другой стороны, можно сразу определить участки, где проблем, вероятнее всего, не возникнет. Это касается в первую очередь несложных налогов (водный налог, транспортный налог и т.д.).

Таким образом, проверку исчисления и уплаты налогов можно проводить в тематическом разрезе. Однако в организациях со сложной и объемной системой налоговых обязательств, имеющих обособленные подразделения, дочерние компании, применяющих разные режимы налогообложения (общий режим у головной организации и единый налог на вмененный доход у обособленного подразделения), второй этап налогового аудита должен проводиться сплошным методом.

При проведении второго этапа работ осуществляется проверка налоговой отчетности, представленной экономическим субъектом по установленным формам, правильности исчисления налогов, сроков уплаты и т.д. При этом способы и методы проверки каждого налога имеют свои особенности. Например, при проверке правильности исчисления налога на прибыль в первую очередь обращается внимание на документальное подтверждение и экономическую обоснованность затрат.

Аудиторы, проводящие проверку, проводят экспертизу бухгалтерского и налогового учета за весь период, подлежащий проверке. Экспертиза включает проведение анализа первичных документов, получение разъяснений от руководства о показателях и методиках, положенных в основу налогового расчета.

В ходе проверки (аудита) аудиторы должны тесно взаимодействовать с бухгалтерской и юридической службами организации, а также непосредственно с руководством.

Необходимость тесного взаимодействия проверяющей и проверяемой сторон в ходе налогового аудита вызвана тем, что в ходе проверки бухгалтерия организации должна стремиться незамедлительно исправить максимально возможное количество обнаруженных аудиторами ошибок. Таким образом, целью налогового аудита является не обнаружение как можно большего количества ошибок и занесение их в отчет, а исправление обнаруженных ошибок вместе с работниками организации. Если некоторые ошибки уже невозможно исправить по тем или иным причинам, аудиторы вносят их в свой отчет с рекомендациями о том, как в дальнейшем избежать аналогичных ошибок.

На третьем, заключительном, этапе подводятся результаты проведенного аудита. Результаты аудиторской проверки оформляются аудиторским заключением. В заключении о результатах выполнения специального аудиторского задания по проведению налогового аудита выражается мнение:

-о степени полноты и правильности исчисления, отражения и перечисления экономическим субъектом платежей в бюджет и внебюджетные фонды;

-о правильности применения экономическим субъектом налоговых льгот.

Однако само по себе заключение не несет аналитической и рекомендательной информации. Поэтому заказчик аудита должен также требовать отчет об аудиторской проверке, в котором подробно рассмотрены все выявленные ошибки и даны рекомендации по их исправлению.

Очевидно, что аудиторы, как и работники налоговых органов, способны выявить возможные нарушения действующего законодательства.

Однако цель налоговых органов – привлечь хозяйствующего субъекта к ответственности, а цель аудиторов – снизить вероятность привлечения к ней организации.

Аудиторы не могут заставить своего заказчика принимать те или иные решения, они могут только дать обоснованные рекомендации. Таким образом, в случае выявления нарушений налогового законодательства и искажений бухгалтерской и налоговой отчетности экономического субъекта, носящих существенный характер, аудиторская организация должна сообщить руководству экономического субъекта об ответственности за допущенные нарушения и необходимости внесения изменений в бухгалтерскую отчетность, уточнения налоговых деклараций и расчетов.

Если бухгалтерия организации не сочтет нужным исправить существенные нарушения, выявленные аудиторской организацией по результатам выполнения специального аудиторского задания, аудиторская организация должна направить письмо-уведомление на имя руководителя организации о данном факте и сообщить об ответственности за нарушение действующего законодательства. Решение о том, следовать или не следовать рекомендациям аудиторской фирмы, остается за руководителем организации. Таким образом, аудиторская фирма освобождает себя от ответственности и перед законом, и перед клиентом в случае привлечения последнего к ответственности. Однако у аудиторской фирмы есть определенные обязательства перед клиентом. В частности, она несет ответственность за несоблюдение конфиденциальности коммерческой информации проверяемой организации.